Klant case

Global life-sciences conglomeraat

Dit (anonieme) multinationale bedrijf in de bioscience sector loopt voorop dankzij geautomatiseerde fenotypering.

Phenotyping

Fenotypering is een van de activiteiten van deze internationale groep die wereldwijd actief is in de farmaceutische, gezondheids- en biotechnologiesector. Samen met laboranten heeft USoft een geautomatiseerde fenotyperingsoplossing ontwikkeld.

De uitdaging

Laboranten experimenteren met een bijna oneindig aantal organische verbindingen. Elk experiment bevat foto’s van meerdere soorten camera’s. De laboranten gaven aan dat ze de enorme hoeveelheden gegevens die betrokken zijn bij high-speed fenotypering niet langer konden beheersen. Er was te veel handmatig werk nodig bij het experimenteren, opslaan en analyseren, waardoor ze achterop raakten. Bovendien was het organiseren en doorzoeken van de datamappen problematisch.

Phenotyping plants

Teveel handmatig werk

  • Automatische fenotypering was niet beschikbaar. Fenotypering was handmatig werk dat veel arbeid vereiste. Dit was een belangrijke oorzaak van de achterstand in beeldanalyse.

De analyse van fenotyperingsbeelden liep achter

  • Er werden meer beelden gemaakt dan er werden geanalyseerd. Er stonden veel beelden “on file” die nog niet waren verwerkt.
  • Beelden werden niet automatisch gecontroleerd op correctheid. Dit betekent dat foutieve foto’s geanalyseerd konden worden, waardoor resultaten van een experiment werden verstoord.
Phenotyping

Organiseren van, en doorzoeken van de datamappen was problematisch

  • Files en afbeeldingen waren moeilijk te vinden. Lange bestandsnamen bevatten metadata, en de organisatie van afbeeldingen gebeurde niet automatisch.
  • Zowel vóór als na de beeldverwerking was het niet eenvoudig om afbeeldingen terug te vinden voor handmatige controles, heranalyse of evaluatie.
  • Metadata werd niet centraal opgeslagen. Dit hield verband met de organisatie van de afbeeldingen in submappen, bij voorkeur ondersteund door een databasestructuur die inzichtelijk maakt welke afbeelding welke data genereert en waar de afbeelding zich bevindt.

Waarom deze organisatie koos voor USoft

De oplossing

USoft heeft uitgebreid gesproken met de verantwoordelijke laboranten, en al snel werd duidelijk dat dit eenvoudig kon worden geautomatiseerd met het low-code platform van USoft. Het eindresultaat van het project is een geavanceerd systeem voor fenotypering dat automatisch de juiste beelden organiseert en analyseert. Hierdoor kunnen onderzoekers analyses uitvoeren om de beste strategie te bepalen om hun doelen te bereiken.

Data verzameling

  • Trial execution: Preprocessing validatie-algoritme voor beeldverificatie.
  • Preprocessing: Beeldvalidatie met behulp van validatie-algoritmen voor verdere verwerking.
  • Image organization: Als de afbeelding waardevol is, sla deze dan op samen met de bijbehorende metadata.

Data analyse

  • Preprocessing: Beeldvalidatie met behulp van validatie-algoritmen voor verdere verwerking.
  • Image organization: Als de afbeelding waardevol is, sla deze dan op samen met de bijbehorende metadata.

Rapportage

  • Visualisatie/publicatie API: Maak numerieke resultaatgegevens beschikbaar voor verdere verwerking.
logo-VanDrie
logo_StepFourth
Bring_logo
logo_Agilysys

Resultaten

Gerelateerde klantcases